La certificació és necessària per tal de garantir el sistema de producció ecològic dels aliments que arriben al consumidor, per això es realitzen controls exhaustius als operadors amb auditories del sistema de producció i elaboració. També es prenen mostres dels productes per tal de garantir que no han estat contaminats amb pesticides ni transgènics. Als productes contaminats se’ls retira la certificació ecològica.

Alguns organismes que certifiquen les produccions ecològiques: